El equipo suizo, ganador de la "Pole position" y de la primera carrera, tomó su segunda victoria del día en una carrera llena de incidentes en Sepang, con un abrasador clima. Este resultado pone al Suiza al frente de los puntos en el campeonato. Jani estuvo acompañado en el podio por el novato brasileño, Sergio Jiménez, quien arrancó sexto y lideró por 15 vueltas la carrera. El segundo puesto lo ganó para Francia Loic Duval.

Jani hizo una perfecta salida, mientras que Oliver Jarvis salió en la segunda posición de la parrilla. Más atrás el grupo de autos tenían una tarea complicada para ganar posiciones. Jani sacó 2.5 segundos de ventaja al final de la primera vuelta, mientras que por su parte Francia y Brasil se concentraron en dejar atrás a Jarvis, que pasó al cuarto puesto.

Después de la segunda vuelta, Jonny Reid de Nueva Zelanda y Alex Yoong, el héroe local de Malasia, se vieron obligados a entrar a los pits para reparaciones en su auto, reincorporándose hasta el final de todos los autos. En la vuelta cinco, el novato alemán, Michael Ammermüller, le arrebató el quinto puesto a Adam Carroll de Irlanda, quien había tenido un gran inicio, avanzando dos posiciones.

Adrian Zaugg, de Sudáfrica, cometió un error y se derrapó en la grava. El incidente obligó al auto de seguridad a entrar a la pista, y la primera parada obligatoria de pits fue abierta. 20 de las 22 naciones decidieron entrar a pits. Los aficionados estaban atentos de la inusual espera de todos los autos en la línea de pits, para reingresar detrás del auto de seguridad.

La segunda parada obligatoria fue declarada en la vuelta 22, y Brasil decidió permanecer en la pista, mientras que Suiza entró hasta la vuelta 23. Después de su parada Jiménez reingresó detrás de Jani, en tanto que el piloto suizo recuperó el liderato y comenzó a despegarse nuevamente. A la Gran Bretaña le continuaban los problemas, ya que en la segunda parada tuvieron un problema con una llanta atorada y fueron penalizados con tres vueltas.

Jani se mantuvo alejado de Jiménez y llegó a la bandera a cuadros en primera posición, dándole a su país un fin de semana perfecto con su doble victoria. Jiménez, quien claramente estuvo mejorando en el fin de semana, llevó a Brasil el segundo puesto, marcando así el primer podio de la nación desde la cuarta carrera del año pasado. El tercer lugar fue para Duval en el auto francés, impulsando a Francia al segundo puesto del campeonato. Jeroen Bleekemolen, de Holanda, cruzó la línea en un bien ganado cuarto sitio.